中崙教會開拓者鄭興讓牧師,於就讀台灣神學院時,因時任神學院長 孫雅各牧師之故,到孫理蓮牧師娘所創立/服事的基督教芥菜種會兼職,當時芥菜種會義診診所分佈在三重、五分埔、中崙等地,稱為”憐憫門”。孫牧師娘看到剛畢業的鄭興讓傳道師充滿宣教熱誠,即提供週六日沒有使用的中崙”憐憫門”,為鄭牧師設置教會之用,相關房租費用由芥菜種會支付,這是中崙教會的開始。
1974年,鄭興讓牧師在上帝的帶領下,由教會與幾位長執集資,購置石碇鄉外按15號一地。此地景色優美、山明水秀,如以利亞受耶和華吩咐在基立溪邊領受供應與祝福,遂命名為「基立溪莊」。隔年,鄭興讓牧師舉行封立,就任為本會第一任主任牧師。購置營地初期,周邊尚未興建交通設施,會友需爬坡渡溪,才能抵達營所,於是每個主日或例假日,鄭牧師都招募會友前往營地整頓、移植楓葉樹種植於營地。大家同心建設的不止是營地的一草一木,更是兄弟姊妹間屬靈肢體的堅固關係。終於1977年正式啟用基立溪營地,作為教友靈修、團契與上帝親近的場所。1978年,教會在城區亦同時擴展,於松山區開設「中坡教會」作為支會,以初熟的果子獻上為祭。之後更於1983年設教20周年時,購置教育館,擴增各團契聚會空間,讓主的話語及教導成為每位會友的生命靈糧。
1984年,教會開辦成人主日學課程,更有系統的以主的話話澆灌建造門徒,且更加積極於外展事工;1986年,於內湖設立「東湖教會」,成為中崙開拓的第二支會。1988年,為關懷會友靈性成長、加強傳道事工陣容,長執會決議聘請林琇貴與林瑋玲姊妹做為教會囑託傳道,並於隔年舉行許榮豐傳道師的封牧典禮,聘為本堂牧師。1993年,預見汐止區將移入大量新住民,而有延伸的禮拜需求,設立「水源教會」,由林琇貴傳道師駐任牧養。同年,山林禮拜堂開工興建,以做為未來敬拜神之場所。
1995年,許榮豐就任為中崙教會第二任主任牧師。同年山林禮拜堂完工啟用。中崙教會開始深耕社區福音事工,成立社區部以推動由教會走入社區的外展事工。1997年,教會購入現址新教育館,並邀請連嫣嫣傳道師加入牧會工作;隔年,松年大學中崙分校正式成立,開始推動各項社區活動,並透過關懷、教育、兒童營會與音樂培育活動等方式宣揚福音。為贏得更多新世代新族群,於西元2000年增設華語禮拜。會友更在許牧師的牧養中,汲取上帝的話語,領受靈命的更新,並逐步裝備調整,走向全面性小組教會,在宣教與合一中建立健康成熟的教會。
期間因北宜高速公路開始整修,基立溪營地一度收到國道局徵收,因著大家迫切禱告,石碇山林禮拜堂雖暫迫關閉,但上帝仍施奇妙恩手,堅固祂所賜的產業。
2004年,陳天來牧師加入中崙教會,負責本會青少年及教育事工。隔年,開始於敦化國小推動生命教育事工,運用晨光時間,來影響教化孩子的品格,以期福音進入校園並深入家庭。2007年,陳天來牧師就任為本會第三任主任牧師,因事工之需,陸續增聘陳伯源牧師及蔡詠信傳道師,加入牧長團隊,
積極推動小組化教會,以小組為基石傳揚福音。隔年,上帝感動黃茂雄長老,擔任建堂委員會主任委員,重新規劃基立溪營地重建工程,歷時3年,於2011年完工,恢復敬拜上帝的殿,大大見證主的信實,並使眾會友們得著安慰。自此,除了中崙會友外也提供眾教會在山明水秀的地方靈修敬拜上帝。2013年,在石碇營地感恩歡然獻祭,迎接設教50周年,陳牧師帶領眾長老及會友們,一同感謝,紀念上帝恩典的大能大力。
2015年,羅興隆牧師領受呼召,就任為本堂第四任主任牧師。在奠基多年的穩固基石,加上周立緯傳道師傳承協助,持續推動各項事工。在敬拜、禱告培訓操練中更深領受與天父的親密關係,在門徒訓練班與靈修培靈會中更加強對屬神兒女身份的認識。2017年起,羅牧師帶領同工開始開辦幸福茶會,邀請未信主的親朋好友透過同工的熱情服事,認識基督信仰的本質是愛。同工們也於服事中,領受聖靈感動,剛強壯膽,生命更新,為福音而活。雖新冠疫情爆發,聚會被迫暫停,但仍有多位兄姊於疫情期間受洗,歸入主的名下,成為新造的人。為興起年輕世代,2021年聘請林凱倫牧師為青年牧師,並舉行封牧典禮。
疫情期間,教育館也趁時修整為如今新貌,以備更可親的環境,讓更多的人喜愛教會,樂意走進教會。,並為在快速的時間轉動中,數位轉型,以圖文影音整合內容,透過各式新媒體之呈現,是必要的趨勢。疫前,教會即開始以實體及線上同步直播之方式,提供遠端服務,以期能觸及並收割更多靈魂。